История Института начинается в 2009 году, когда было создано Государственное коммунальное предприятие на праве хозяйственного ведения Акимата города Алматы «Алматы қала құрылысы кадастры» (Постановление Акимата города Алматы от 19 февраля 2009 года № 2/99).

В обязанности ГКП «Алматы қала құрылысы кадастры» входило решение вопросов по ведению Банка данных градостроительного кадастра включая хранение и обновление кадастровых данных, регистрацию заносимой в Кадастр информации, планирование использования градостроительного потенциала городских территорий, а также мониторинг строящихся (намечаемых к строительству) и наблюдение за состоянием существующих строительных объектов.

Для реализации данных задач Предприятие осуществляло следующие виды деятельности:
- формирование цифровых банков данных тематических и специальных карт, планов и атласов, основанных на топографо-геодезической и картографической информации, включая здания, сооружения, объекты инженерной инфраструктуры, улично-дорожные сети, благоустройство и иные градостроительные объекты;
- ведение Дежурного (опорного) кадастрового плана;
- разработка и подготовка кадастровых документов;
- разработка и координирование красных линий в городе Алматы;
- поддержка программных и технических средств ведения системы Государственного градостроительного кадастра;
- сбор и накопление информационной базы данных по порядковым номерам зданий и сооружений;
- вынос в натуру проектируемых зданий и сооружений;
- проведение и корректировка топографических изысканий;
- выполнение исполнительной съемки;
- сбор и обработка исходных данных всех видов инженерных работ;
- экспертиза проектной документации на строительство объектов и комплексов на территории города Алматы и пригородной зоны в соответствие с действующим законодательством Республики Казахстан;
- разработка исходных данных для проектирования;
- разработка проектно-сметной документации на все виды строительства на территории города Алматы и пригородной зоны;
- авторский надзор за объектами строительства.

В 2012 году Предприятие было реорганизовано в Товарищество с ограниченной ответственностью «Ақпараттық - технологиялық орталық» (Постановление Акима города Алматы от 20 ноября 2012 г. N4/969).

В 2017 году, по поручению Президента Республики Казахстан Н.А. Назарбаева и на основании Постановления Акимата города Алматы от 12 октября 2017 г. N4/416, Товарищество было переименовано в «Научно - исследовательский институт «Алматыгенплан». А в 2018 году Институт был аккредитован в качестве субъекта научной и (или) научно-технической деятельности (Свидетельство об аккредитации №005272) в соответствии со статьей 23 Закона Республики Казахстан «О науке».

В 2019 году Институт обрел новый адрес и сейчас располагается в здании вместе со структурными подразделениями Акимата города Алматы (КГУ «Управление городского планирования и урбанистики», КГУ «Управление земельных отношений» и КГУ «Управление градостроительного контроля») на проспекте Абая, 90.

На сегодняшний день Институт координирует градостроительную политику города и подходит к застройке мегаполиса с точки зрения науки.

В задачи Компании входит реализация утвержденного Генерального плана мегаполиса с учетом развития пригородной зоны, а также формирование общих принципов градостроительной политики на территории города Алматы. Также Институт выполняет проектные, проектно-экспериментальные и нормативно-методические работы по градостроительному проектированию и развитию города, пригородной зоны и других населенных пунктов в пределах Алматинской агломерации с учетом международного опыта.

Сегодня ТОО «Научно-исследовательский институт«Алматыгенплан» — это координатор всех проектных работ от разработки градостроительных узлов, целостного облика фасадных решений сложившейся застройки, пешеходных зон в целом по городу, до разработки Мастер-плана и проектов детальных планировок и др.